U pisanim dokumentima Bibinje se prvi put spominje 1214. godine. Područje Bibinja je bilo nastanjeno još u rimsko doba, što dokazuje i samo porijeklo imena Bibinje. Svoj naziv Bibinje su dobile po Vibiju (Vibius), rimskom patriciju koji je imao posjed na današnjem teritoriju Bibinja. Po jednoj narodnoj predaji mjesto je prvobitno nastalo na vrhu brda iznad današnje lokacije (točnije, u Bibinskom polju na obroncima brežuljka). Danas se centar tog lokaliteta naziva Petrina po crkvici sv. Petra iz 8 stoljeća. Zbog kuge koja je tada harala, narod se s Petrine preselio u današnju postojbinu na poluotočić uz more.

Osnivanjem Reda Benediktinaca u Zadru 1066. godine, hrvatski kralj Petar Krešimir IV dao je kraljevski posjed Točinje (današnje Bibinje) Redu Benediktinaca kao dar u trajno vlasništvo. Pod zaštitom Reda Benediktinaca, u razdoblju od kasnog srednjeg vijeka pa sve do prvih upada Turaka, Bibinje je doživjelo zavidan gospodarski razvoj.

Sredina 15 st. i početak napada Turaka je jedno od najtežih razdoblja u cjelokupnoj povijesti Bibinja. Jedan od najvećih narodnih junaka iz doba borbe protiv Turaka je svećenik Stipan Sorić iz Bibinja.Mletačka vlast je 1468. godine utvrdila Bibinje jakim obrambenim zidom i tornjem.