In Schriftdokumenten wird Bibinje zum ersten Mal im Jahr  1214. erwähnt. Das Gebiet von Bibinje war noch zu römischen Zeiten bewohnt, was auch die Herkunft des Namens Bibinje nachweist. Seinen Namen hat Bibinje nach Vibius bekommen  , dem römischen Patrizius der ein Landgut auf dem heutigen Gebiet von Bibinje besass. Nach einer Volksübertragung entstand der Ort ursprünglich auf der Hügelspitze über dem heutigen Standort (genauer im Feld von Bibinje auf den Berghügeln). Heute wird das Zentrum dieser Lokalität Petrina genannt , nach dem Kirchlein von St.Petrus  aus dem 8. Jahrhundert. Wegen der Pestgefahr , die damals herrschte, zog das Volk von der Petrina in den heutigen Geburtsort auf die kleine Halbinsel am Meer.

Mit der Gründung des Benediktinerordens in Zadar 1066. , gab der kroatische König Petar Krešimir IV. den königlichen Besitz, genauer gesagt ,das heutige Bibinje dem Benediktinerorden als Geschenk in den Dauerbesitz. Unter dem Schutz des Benediktinerordens,im Zeitraum vom späten Mittelalter bis zu den ersten Angriffen der Türken, schaffte Bibinje einen beneidenswerten wirtschaftlichen Aufschwung.

Mitte des 15.Jhdt. und Beginn der Türkenangriffe bedeuten eine der schwierigsten Zeiteräume in der ganzen Geschichte von Bibinje. Einer der grössten Volkshelden aus dem Zeitraum des Kampfes gegen die Türken ist der Priester Stipan Sorić aus Bibinje. Die venezianische Regierung baute um Bibinje eine starke Festungsmauer und einen Turm als zusätzliche Verstärkung.